Muzejski prostor službeno je  otvoren 15. ožujka 1982. godine u adaptiranom zdanju isusovačkog samostana. Prvotno je zamišljen kao prostor u koji bi se trebala smjestiti „ Zbirka umjetnina Ante i Wiltrud Topić Mimare“. Privremenu odsutnost zbirke trebala je nadomjestiti vlastita izložbena produkcija. Tako je Muzejski prostor svoje djelovanje započeo predstavljanjem djela trojice autora; „Grafike Albrechtra Durera“, „Retospektivna izložba Otona Glihe“, „Prijedlog donacije gradu Zagrebu“ kipara Dušana Džamonje. Ovakav atraktivan program polučio je izniman uspjeh i privukao desetke tisuća posjetitelja. Ova izložba, a i one koje su slijedile otvorile su novo poglavlje kulturnog života Zagreba. Detaljno osmišljavanje likovnih događanja, sa svim popratnim događanjima po uzoru na svjetske institucije takve vrste, nov marketinški pristup, vlastita produkcija suvenira, sve su to noviteti koji se stvaraju upravo u Muzejskom prostoru. Rezultat su antologijske izložbe od nacionalnog značaja, koje promovirajući vlastito nasljeđe i baštinu, te prezentirajući svjetske kulture revaloriziraju otkrivajući nove vrijednosti, te zadužuju generacije posjetioca na očuvanje i brigu o istoj. Najuspješnija izložba iz ovog prvog Zlatnog desetljeća institucije* uz niz ostalih ne manje značajnih bila je Drevna Kineska kultura iz 1984. godine koja je privukla na stotine tisuća posjetioca u Galeriju.
1987. godine Muzejski prostor dobiva novu izložbenu poziciju - Muzej Mimara u preuređenom prednjem djelu bivše školske zgrade na Rooseveltovu trgu za pohranu Mimarine zbirke. Muzejski prostor službeno postaje Muzejsko –galerijskim centrom, a u njegovu sklopu već je bila zgrada podignuta na gradskom bedemu koju je kao radni prostor kustosa projektirao arhitekt Igor Emili, a naknadno je pretvorena u prostor za monografske autorske izložbe  Galeriju Gradec. 1985. godine Muzejski prostor preuzima Kulu Lotrščak, prvo u funkciji informatičkog punkta i suvenirnice, a potom i kao izložbeni prostor manjih izložbi napose mladih i još neafirmiranih autora. U sklopu muzejskog prostora , izdvojila se i jedna prizemna prostorija kao izložbeni prostor pod nazivom Galerija Fortezza, već na samom početku djelovanja muzejskog prostora.
Muzejsko – galerijski centar tako je obuhvaćao je široko polje rada četiriju izložbena prostora potpuno različitog izlagačkog  programa: Muzejski prostor za organizaciju nacionalnih ali i svjetskih izložaba, monografskih i skupnih pregleda, tematskih izložaba i za logistiku vezanu uz opsluživanje takovih programa; Muzej Mimara za pohranu privatne zbirke, njeno očuvanje i reinterpretaciju; Gradec za monografske izložbe pojedinih autora, trijenale i salone; te Kulu Lotrščak kao informativni punkt i manje izložbe specifičnog sadržaja.
Muzejsko galerijski centar je zbog novo donesenih propisa prestao djelovati pod zajedničkim nazivnikom i podijelio se na Galeriju Klovićevi dvori i Muzej Mimara kao dvije zasebne javne ustanove. Gornjogradski kompleks,  u čijoj su nadležnosti i dalje Galerija Gradec i Kula Lotrščak s početkom 1999. počinje djelovati kao javna ustanova Galerija Klovićevi dvori.